La tuberculose urogénitale peut faire partie d’une infection disséminée ou être localisée uniquement au tractus urogénital. Le rein est très souvent infecté lors d’une tuberculose miliaire, le plus souvent au niveau du cortex rénal.

En cas de tuberculose localisée au tractus urogénital, le rein est en règle infecté par voie hématogène à partir d’une infection pulmonaire. Le plus souvent, lors du diagnostic de la lésion urogénitale, il n’y a plus de symptôme de tuberculose pulmonaire active, bien que dans un tiers des cas on puisse mettre en évidence des lésions radiologiques témoignant d’une infection ancienne. Cela suggère que l’infection rénale résulte de la réactivation d’une tuberculose quiescente. Cliniquement les lésions sont très souvent unilatérales mais les études post-mortem ont montré la grande fréquence de lésions bilatérales. Au niveau du rein, elles sont préférentiellement situées dans la médullaire ou elles vont produire des granulomes épithélioides avec une nécrose caséeuse aboutissant à une destruction tissulaire. L’atteinte des cavités pyélocalicielles est à l’origine d’une pyélonéphrite tuberculeuse qui peut aboutir à une lésion pyonéphrotique avec destruction du rein qui prend un aspect mastic. Dans 25% des cas il existe des calcifications au sein de ce rein mastic.

L’infection se propage par voie rétrograde dans les uretères puis la vessie avec des lésions granulomateuses muqueuses et musculaires aboutissant à des cicatrices fibreuses. Au niveau de l’uretère cela aboutit à des sténoses irrégulières avec des dilatations sus-jacentes pouvant aboutir à une destruction secondaire du rein. Les trois quarts des tuberculoses vésicales sont associées à une infection rénale bien que dans quelques cas elles puissent être secondaires à la dissémination d’une lésion génitale.