Des tests diagnostiques existent pour de nombreux virus respiratoires, et des tests dits multiplex permettent une identification simultanée de plusieurs virus à partir d’un même prélèvement. Toutefois, l’utilisation de ce type de test n’est pas a priori justifiée dans tous les cas. La Haute Autorité de santé (HAS) « considère qu’il y a un intérêt à rechercher un ou plusieurs virus des infections respiratoires hivernales (dont la grippe) en association avec une recherche du SARS-CoV-2 chez les seuls patients qui présentent des symptômes et pour qui le résultat sera utile pour déterminer la nature de la prise en charge et/ou un isolement particulier soit : les adultes hospitalisés ou arrivant aux urgences, les  personnes âgées et les jeunes enfants . La possibilité donnée par le test de mettre en œuvre une conduite spécifique, adaptée au virus identifié, doit donc être prise en considération et guider la prescription.

Les tests diagnostiques multiples ou multiplex sont donc indiqués:

-Chez l’adulte hospitalisé, aux urgences ou en établissement collectif, pour adapter l’isolement et la prise en charge. Les tests RT-PCR à la recherche du SARS-CoV-2 et de tout autre virus respiratoire, dont la grippe, doivent être réalisés dès l’arrivée à l’hôpital. Dans les collectivités, devant tout symptôme évocateur, le SARS-CoV-2 sera recherché par RT-PCR ou test antigénique, le virus de la grippe par RT-PCR.

-Chez les enfants, en cas d’infection respiratoire et quel que soit le lieu de prise en charge, afin d’orienter le traitement : nécessité ou pas d’une antibiothérapie.  En cas d’hospitalisation, tous les virus respiratoires, et particulièrement le virus respiratoire syncitial (VRS), seront recherchés par RT-PCR. Aux urgences, le test antigénique du SARS-CoV-2 sera privilégié. Dans l’établissement scolaire e crèches, les enfants présentant des signes respiratoires seront éventuellement testés pour la covid-19 et la grippe par test antigénique avant application éventuelle de mesures d’isolement.